本发明属于生物技术领域，涉及一种棉花细胞质雄性不育恢复系的分子鉴定方法，具体提供了用于鉴定棉花细胞质雄性不育恢复系的CAPS标记的引物，其核苷酸序列如SEQ ID N0.2和3所示。本发明采用CAPS标记对棉花细胞质雄性不育恢复系材料进行了分子水平的多态性检测，该方法鉴定速度快、准确率高、操作简单，非常适用于棉花细胞质雄性不育恢复系材料纯度的室内鉴定和新恢复系材料的分子标记辅助选育。